В Новосибирске придумали как повысить эффективность геномных исследований

Базовая информация
Дата размещения
34
0
0

В Новосибирске придумали как повысить эффективность геномных исследований

Уникальный программный комплекс создан биоинформатиками из Новосибирского государственного университета, института цитологии и генетики СО РАН и немецкого университета имени Мартина Лютера.

Разработка программного комплекса заняла около двух лет.

Геномные исследования обходятся весьма дорого, но по словам сотрудника лаборатории компьютерной транскриптомики и эволюционной биоинформатики НГУ и ИЦиГ Виктора Левицкого, новая разработка позволяет получить гораздо более детальные сведения о регуляторной роли белка на основе эксперимента по массовому секвенированию его сайтов связывания.

"Если ранее для заданного белка, специфично регулирующего экспрессию генов, аналогичные подходы находили с высокой достоверностью его 3-5 партнеров-белков, то мы с помощью новой разработки находим 10-15", - пояснил ученый.


Для того, чтобы отыскать все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, необходимо провести дорогостоящий эксперимент под названием ChIP-seq. Результат работы мотива зависит от  взаимодействий партнерских белков-регуляторов. Чтобы отыскать партнерские белки, приходится проводить все новые и новые ChIP-seq эксперименты - а это как раз существенно повышает стоимость исследования.

Виктор Левицкий попытался наглядно объяснить пресс-службе НГУ эту проблему.

"Можно провести такую аналогию. Допустим, что регуляторные белки — это небольшая популяция людей, которых всего около двух тысяч. Известно, что небольшое число конкретных людей, например, 10-20, вместе работают в одной комнате, а вам как исследователю нужно определить состав этой рабочей группы с помощью только слуха. Пусть вы приблизительно по голосу знаете несколько сотен людей, но проблема в том, что в популяции часто встречаются люди, которые могут работать очень тихо, так что практически вы их не слышите. Поэтому только с помощью слуха, без дополнительных данных от органов зрения, большая часть исследуемой рабочей группы остается вам неизвестной. Наша разработка — это добавка к аудиоинформации видео. В аналогии аудио — расположение мотивов, то есть слов, в ДНК без перекрывания, видео — расположение мотивов с перекрыванием. До нашей разработки для анализа результатов одного эксперимента ChIP-seq было возможно выявление пар мотивов только без их перекрывания в ДНК. Таким образом, нами добавлено новое измерение для описания функциональности изучаемого объекта", - рассказал биоинформатик.


Патент на новую программу уже получен.

Ранее МедикФорум рассказал о коллективной монографии врачей новосибирской клиники Мешалкина, посвященной аспектам лечения  хронической тромбоэмболической легочной гипертензии.

MedikForum.ru

В Новосибирске придумали как повысить эффективность геномных исследований

Уникальный программный комплекс создан биоинформатиками из Новосибирского государственного университета, института цитологии и генетики СО РАН и немецкого университета имени Мартина Лютера.

Разработка программного комплекса заняла около двух лет.

Геномные исследования обходятся весьма дорого, но по словам сотрудника лаборатории компьютерной транскриптомики и эволюционной биоинформатики НГУ и ИЦиГ Виктора Левицкого, новая разработка позволяет получить гораздо более детальные сведения о регуляторной роли белка на основе эксперимента по массовому секвенированию его сайтов связывания.

"Если ранее для заданного белка, специфично регулирующего экспрессию генов, аналогичные подходы находили с высокой достоверностью его 3-5 партнеров-белков, то мы с помощью новой разработки находим 10-15", - пояснил ученый.

Для того, чтобы отыскать все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, необходимо провести дорогостоящий эксперимент под названием ChIP-seq. Результат работы мотива зависит от  взаимодействий партнерских белков-регуляторов. Чтобы отыскать партнерские белки, приходится проводить все новые и новые ChIP-seq эксперименты - а это как раз существенно повышает стоимость исследования.

Виктор Левицкий попытался наглядно объяснить пресс-службе НГУ эту проблему.

"Можно провести такую аналогию. Допустим, что регуляторные белки — это небольшая популяция людей, которых всего около двух тысяч. Известно, что небольшое число конкретных людей, например, 10-20, вместе работают в одной комнате, а вам как исследователю нужно определить состав этой рабочей группы с помощью только слуха. Пусть вы приблизительно по голосу знаете несколько сотен людей, но проблема в том, что в популяции часто встречаются люди, которые могут работать очень тихо, так что практически вы их не слышите. Поэтому только с помощью слуха, без дополнительных данных от органов зрения, большая часть исследуемой рабочей группы остается вам неизвестной. Наша разработка — это добавка к аудиоинформации видео. В аналогии аудио — расположение мотивов, то есть слов, в ДНК без перекрывания, видео — расположение мотивов с перекрыванием. До нашей разработки для анализа результатов одного эксперимента ChIP-seq было возможно выявление пар мотивов только без их перекрывания в ДНК. Таким образом, нами добавлено новое измерение для описания функциональности изучаемого объекта", - рассказал биоинформатик.

Патент на новую программу уже получен.

Ранее МедикФорум рассказал о коллективной монографии врачей новосибирской клиники Мешалкина, посвященной аспектам лечения  хронической тромбоэмболической легочной гипертензии.

  • В Новосибирске придумали как повысить эффективность геномных исследований photo


(0)
0,0
Дизлайк 0
ОТН 0
Лайк 0
 
Кто-то печатает...
Согласиться и закрыть
x Мы используем cookies для подсчета статистики посещений, персонализации рекламных объявлений, а также для сохранения пользовательских настроек функциональности сайта. Вы соглашаетесь с этим, используя сайт далее.